李秀成的勇敢作战和忠贞不渝的表现，解除了洪秀全的疑虑。不仅解除了疑虑，还让很久内心没有感动过的洪秀全，相当感动。“看来是朕多心了！”洪秀全亲书“万古忠义”四字送给李秀成，并于八月晋封他为忠王。
但李秀成接到封王诏书后，悬印月余，不肯接受，他上本章说他的一些功劳，都出自捻军将领之力，恳请先加封捻军将领韩碧峰、韩肃峰、孙葵心、刘天祥等人爵位，而后他方敢受任。
洪秀全嘉许李秀成的谦让，于是准他所请。此时韩碧峰等也连衔手书，敦劝李秀成开用王印，李秀成才勉强受任。 后来李秀成在追述这段历史时说，洪秀全“封我忠王，乐我之心，防我之变”。其实，这未必是洪秀全的本意，还是因为李秀成确有卓着功绩才封他为王的。
而洪秀全和李秀成的关系，也是跌宕起伏的。有亲密无间期，也有极为困难的时期。1863年，当面对湘军、淮军和洋人的“长胜军”，联合夹击时，绝望的李秀成在癸开十三年（1863年）底放弃苏州回天京。
堂弟侍王李世贤驻兵溧阳，劝他别作他谋，不要回京，他不听。李世贤不想看着堂兄陷入火坑里面，要带兵前来，逼他去溧阳，阻止他回京。李秀成知道，就轻骑连夜走回京。
第二天，他上殿向洪秀全提出“京城不能守，曾帅兵困甚严，濠深垒固，内少粮草，外救不来，让城别走“的建议。但洪秀全断然拒绝，甚至以革去李秀成的官职相威胁。
洪秀全说：“朕铁桶江山，尔不扶有人扶，尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖（曾国藩）者也乎。”李秀成也很生气，回答说：“尔将一刀杀我，免我日后受刑。”洪秀全事后也知用气太过，于是派人安抚李秀成，仍将天京守卫事宜交付于他。
自此时起至天京失守止，李秀成一直留守天京。他传令李世贤领军去江西救粮，到癸开十三年（1863年）江南秋收后回救天京。 但此后，因湘军、淮军和常胜军之阻挠，李世贤也只好在地方上抵抗，并流落至福建，最终在广东被杀。
当然李秀成再忠心耿耿，也逃不过太平天国制度性的缺陷。从南京逃出来后，李秀成突然觉得逃亡之路，是如此漫长，而且充满了可悲可叹，偌大的一个太平天国，现在已经完蛋了，李秀成便逃亡便觉得不胜悲凉。这半辈子的奋斗，到底是为了什么啊？侍卫的声音把他从回忆拉回到现实当中。
“忠王，现在都快到丑时了，咱们找个地方落脚吧！”侍卫道，他们从清军下午破城后，就在逃亡路上，现在早已是困乏无比了。而在山间的小路上，他们觉得比平时无比崎岖。
见到前面有个农家，也已经疲惫不堪的李秀成前去叩门。
半天了，才有一位老翁来开门，“你们是什么人啊？”
由于李秀成他们穿的也是普通百姓的服装，这位老翁并不知道他是位大人物。
“老人家，你不知道吧，刚才清军已经攻入到南京城了。我们是南京城的百姓，趁乱逃出来了。路过这里，请你让我们休息一晚上。”侍卫道。
“不行，不行，我们家里有女眷，不太方便啊！”老翁拒绝。
另外一个侍卫准备动粗，却被李秀成拦住。
李秀成道，“老人家，这前面村庄还有多远啊？”