同时军统对gcd进行收集情报和暗杀，如1940年8月13日，中国gcd陈昭礼少将（全国战地动员委员会委员）在崇安吴公岭被事先埋伏的务军统杀害。
也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默村等。
国共内战期间
1946年8月军事委员会改组成国防部，军统局的正式名称亦改为国防部保密局。其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。
解放战争期间，军统主要对付gcd，如1949年11月14日，中国gcd党员江竹筠在重庆渣滓洞监狱被军统特务杀害，年仅29岁。
根据沈醉的回忆录，戴笠曾任用张国焘组织对gcd的情报工作，并在西北设置情报站，进行对我党根据地的活动，但是由于张为高层叛变人员，并不清楚基层组织的运作方式，仅通过回忆录的方式向军统提供关于党内的高层信息，在张国焘任职期内，渗透工作从未成功，之后张逐渐失去戴的信任，离开军统。
解放后
1949年国民政府败退台湾后，一部分军统留在大陆进行暗杀，破坏，情报等活动。克什米尔公主号事件就是军统所为。中国gcd政府对军统严厉镇压，镇压反革命运动中，军统在大陆人员，除了少数立功者以外，一律枪决或重刑。到五十年代中，军统在大陆大致肃清。
以后的政治运动中，如肃反运动、四清运动、清理阶级队伍运动（“文化大革命”的一段插曲），一次又一次追查残余军统人员以及和怀疑曾和军统有关的人物，“活人要落实到人头，死人要落实到坟头”。到1976年后，不再提及军统。
迁台后的军统局
1949年国府迁台。1950年，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，持续执行情报蒐集，并主导台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等白色恐怖。
1955年，情报机构改制。保密局改组为国防部情报局。保防侦查等业务拨归“司法行政部调查局”接管。一般说来，该阶段先后实际执行者为毛人凤与蒋经国。
1984年发生江南案，当时之情报局长汪希苓亦被捕入狱，情报局再次大改组。1985年7月1日，情报局与国防部特种情报室并编成立军事情报局，隶属国防部参谋本部，受参谋总长直接指挥。
中统与军统的区别
中统是国民党党中央的情报机构。
军统是国民政府军事委员会的情报机构。
中统:“中国国民党中央执行委员会调查统计局”的简称。国民党c.c系陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。中统的前身是由c.c系分子所组成的国民党中央组织委员会党务调查处。1937年，党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由c.c系分子徐恩曾任处长。1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事委员会调查统计局第一处为基础，成立中国国民党中央执行委员会调查统计局，中统由此正式形成。
中统以各级国民党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人负责“调查统计”，在文化团体和大专院校、重点中学广泛建立了“党员调查网”，进行各种反革命特务破坏活动。
军统:“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。1938年8月成立。前身是“军事委员会密查组”(1927年建)、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处(1937年建)。主要负责人为戴笠。军统局内勤组织共有八处、六室、一所；外勤组织在各大城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市设“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。特工人员最多时近五万名，分布到国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀等手段进行反共反人民的特务活动.
在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国gcd向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不为提升。同时，由于大片国土沦陷，中统的组织系统严重破坏，而其又不能及时的联络这些基层组织。逐渐为军统所取代。
加之军统头子戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统主要为国民党cc系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。
中统与军统的演变历程
1928年初，国民党在中央组织部中设立专职情报的“党务调查科”，此时，军队系统也有“参谋本部第二厅”，负责军事谍报与电讯侦测；1931年，“中华民族复兴社”（又称“蓝衣社”）的秘密核心组织“力行社”下设“特务处”，从事情报暗杀活动。1932年，党务调查科扩充为“特工总部”，1935年改组为“党务调查处”。
1937年4月，徐恩曾负责的“党务调查处”与戴笠负责的“力行社”合并为“国民政府军事委员会调查统计局”，由陈立夫任局长；原调查处为一处负责党务，仍由徐恩曾任处长；原力行社为二处负责特务，仍属戴笠管理。可以看出，初创阶段的国民党特务机关，组织机构变动相当频繁。
1937年七七事变全国抗战，1938年初国共达成合作，随着国共第二次合作的形成和抗日战争的不断深入，gcd在国统区由完全秘密转为公开；人民的抗日爱国运动亦日益高涨，势不可挡。1938年春，蒋介石借口抗日战争时期国难当头，为了防止日谍汉奸活动，提高工作效率，增强抗战力量，在3月29日召开的国民党临时全国代表大会上决定把原有的国民政府军事委员会调查统计局改组，扩大成为3个公开的特务组织：
一、以第一处为基础，建立隶属中央党部秘书处的国民党中央执行委员会调查统计局（简称中统或中统局），局长由国民党中央秘书长朱家骅兼任，徐恩曾任副局长，由徐负责日常实际工作。
二、第二处扩大为隶属军事委员会办公厅的军事委员会调查统计局（简称军统），首任局长由陈立夫兼任，戴笠任副局长。这个局简称“军统”。
三、隶属军事委员会办公厅的特检处（主管邮电检查）。
中统局的全称为国民党中央执行委员会调查统计局，是抗日战争时期发展起来的国民党特务机关。它和“军统”都是蒋介石实行法西斯独裁统治的重要工具。中统局在国民党各省、市、县党部都有有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国。他们网络党羽、特务的手段和对中国gcd的破坏活动无所不用其极。他们捕风捉影，乱抓乱捕，制造了许多冤狱。
中统局特务组织的原始机构是国民党中央组织部内的党务调查科，它成立于1928年2月。在1928年—1931年这段时间内，陈立夫、张道藩、吴大钧、叶秀峰、徐恩曾先后担任调查科主任一职。1930年徐恩曾继任后，开始了他对中统特务系统长达15年的直接领导，直到1945年2月，蒋介石突然下手令，免去他“本兼各职，永不录用”，由叶秀峰继任。
调查科最初分设采访、整理两个股，各设总干事一人，下设干事、助理干事若干人。1930年夏为了加强对付gcd的力量，调查科内又增设了一个“特务组”，除一般特务活动仍由采访股负责外，举凡对gcd的调查研究、密谋策划以及被认为属于最机密的情报搜集、破坏指导统由该组负责。该组的负责人由调查科采访股的得力干事顾建中担任。1930年夏，该科也增设了一个“言文组”，其任务是负责搜集各省市的报章杂志、各种进步刊物以及国外的华文刊物，分门别类加以剪贴，逐日送科主任转部长参阅。该组由整理股干事刘清源负责。1932年秘密成立“特工总部”，地点设在南京道署街今瞻园路132号瞻园内。该部迄1938年撤销之时止，前后共七年时间。特工总部是一个完全秘密的组织。它成立后即在各省、市、县和国民党特别党部内陆续建立了下属机构“特务室”，在上海、南京等重要地方还设立了秘密“行动区”。
1934年，蒋介石为统一特务组织，在国民政府军事委员会内设立调查统计局（这与后来以戴笠为首的军事委员会调查统计局是两码事），以贺耀祖为局长，陈立夫为副局长，下设3个处：一处为党务处，徐恩曾任处长；二处为军警处，戴笠任处长；三处为邮电检查处，丁默任处长。1935年，国民党中央机关扩编，党务调查科改为国民党中央组织委员会党务调查处。调查科和党务调查处均设于南京丁家桥国民党中央党部大楼内，在二楼西南角两间房子内办公。
中国国民党中央执行委员会调查统计局于1938年成立，至1947年前后历时9年。在这9年中，其组织之庞杂，人员之众多，罪恶之重大较其他各阶段为甚。中统局开始设于湖北汉口的黄陂路，后迁到重庆储奇门药材公会大楼楼上。1939年7月始迁到中山二路川东师范。1946年迁到南京道署街（即今瞻园路）。中统局成立后，原特工总部宣告结束。
1947年4月中统局改头换面，历称中央党员通讯局(简称党通局)。
1949年2月，国民政府党通局划归内政部领导，改称内政部调查局，简称内调局。
国民政府败退宝岛台湾后，于1954年10月，又将内调局改组为司法行政部调查局。
军统是“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。1938年8月成立。
军统前身是“军事委员会密查组”（1927年）、复兴社特务处（1932年4月）、军事委员会调查统计局第二处（1937年）。主要负责人为戴笠。军统局内勤组织有军事情报、党政情报、电讯、警务、惩戒、训练和策反等八处、六室、一所；外勤组织在各在城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。
当年“军统局”特务，专门以监视、逮捕、绑架和暗杀等手段，进行反共活动。另一方面，军统特务在抗日战争时期深入沦陷区，制造针对日军的恐怖活动，对打击日本侵略和汉奸，起了一定作用。
1946年戴笠乘坐飞机失事死后，军统局进行改组，其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长；军统局的正式名称亦改为国防部保密局，毛人凤为局长。专责保密防谍工作，确保国家安全。
1949年，军统主要机构撤至台湾。1950年，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，以持续执行国内保防工作及情报搜集之重责大任，并主导台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等白色恐怖。
1955年，情报机构改制。保密局改组为国防部情报局，专责执行战略预警情报搜集、研整之任务。保防侦查等业务拨归“司法行政部调查局”接管。
1984年发生江南案，当时之情报局长汪希苓亦被捕入狱，情报局再次大改组。1985年7月1日，情报局与国防部特种情报室并编成立军事情报局，隶属国防部参谋本部，受参谋总长直接指挥。其总部在台北阳明山下的芝山，设有情报学校训练间谍，军方内部称该处为山竹营区。