对军队的清理不仅在核心队伍中进行，在对俘虏中留用乃至征集挑选出来的七万余治安军中也广泛的展开了。所不同的是对这些并非核心力量的“外人”按照举报和口供两相核实就可以决定的原则来进行，在这些队伍中一时件也有近千人被翻出旧案，数百人被严刑处决。
当初处斩上千人，关押八九百人的清洗不但在队伍中的战兵部队和原工匠营组成的核心队伍中带来了震撼，也同样震撼了新组建不久的治安军各营。
在队伍之外，原本视张海等人为闯入城内的贼寇的不少人也对这股力量的印象大为改观，虽然举人以上受到抄掠和严惩的那些利益群体不可能有多少人投靠，但在采购和采办乃至经济动员等许多事物上原本让张海隐隐感到的消极对抗情绪却削弱了很多。
在青州之战前利用工匠营的人做为战勤和辅兵实际上是一种扩军时兵源匮乏的迫不得已之举。在完成了对部队的清理后，张海对队伍进行了重新的整编：
近卫一营、二营、三营三个两千人左右的营群十二个连群正式升级扩编为三个步兵旅、十二个步兵营，三十六个步兵连。虽然战兵部队在清洗中也有所损失，但在补充了柳香等人从江北带来的山东挑选征集并经过了一月之久训练的少年新兵后仍然保证了扩军后每连一百六十步兵官兵、总计近六千官兵左右的规模。十二个步兵营在获得了一些青州新造的补充装备后所拥有的炮兵规模重新恢复到了青州之战前张家新军全军所拥有的炮兵数量，不过炮连的规模有所精减，拥有七十二门九斤弹青铜炮及二十四门臼炮及其所配属的一百几十吨炮弹被分属到了十二个炮兵连近两千人左右的炮兵队伍中。每个炮兵连所携带的火炮少了，但是所携带的炮弹并没有减少多少。加上营指挥力量及必要的通信联络机构，整个南京城内张家新军的核心力量重新恢复到八千七百人、两千多匹马的规模。
在武器装备方面：加上出征后的一个半月青州府内新造并由柳香等人带来的两万余支旧铳及相营的弹药。仅在南京三个步兵旅八千七百余人所拥有的臼铳总数达到四万五千余支、经过补充和整备后弹丸总数重新恢复到三十余万发，所能跟随队伍携行的就超过十八万发。而九百名左右的弓手所能携带的箭支总共只有五万余支箭左右。
从火力和弹药上来说，火炮和臼铳等火器暂时成为队伍主要的战斗力构成，除了这些兵器最容易在比较短的时间内形成战斗力并被新兵所掌握外，经过简单改进后的臼铳和火炮在这江南阴雨之地更能保证战斗力的可靠性是重要原因之一。
在盾甲及其他兵器方面，江南之地获得了不少水力机械方面的人才，可不论是秘密后膛火器的研发试制还是类似西方水准全身板甲的研发和试制都暂时还没有眉目。不过依靠从青州之战至运河一路而来多次大战歼灭众多敌人的缴获还有大战前队伍出发时的家底，以步兵为主的战兵几乎全员保证了能普及到比较堪用的包铁甲，在七万多治安军步兵营中，大部分人也普及到了明军一般战兵水准的缴获来的铠甲。
旧历十月二十一日，当重新清理整顿后的队伍重新集结起来时候，张海看到又重新看到了青州城防战及之前那些完全由与自己差不多年纪的少年们组成的单纯而又朝气蓬勃的队伍。
“自从盐山举事以来，我新朝义军虽然多次攻城掠地大破敌人，但始终是在流动中的点线上作战。最多时不过拥有几府数县之地，然而自今日起：革新战争的转折点终于到来了：那就是我们将要向敌人的至少一省之地展开全面进攻，不仅仅局限在少数城墙或寨墙构筑起的防区里，也不仅仅是以运动或隐蔽来做伪装，我们堂堂正正的向敌人进攻并寻求决战。当新进入队伍不久的战士也能按照我们队伍中的要求完全达标的时候，那就是彻底推翻旧天下革新人间的时机将要到来了。经过几次大的歼灭性打击，至少在半年之内朝廷都难以对我们长江以南的主力发起有威胁的反扑。我也相信你们不会在扫荡江苏浙北的残敌时遇到克服不了的困难。但是要记住你们的使命不仅仅是普通的战士、在革新事业的初期还有执掌天下为广大良民百姓做主的重任。我不希望南京城里之前那血腥的一幕重演，也不希望你们不是倒在敌人的刀枪铳箭之下，而是因为无法约束住自身而遭到军纪国法的处决之下。”张海并没有多少顾忌的对清理整顿之后，准备踏上新的征途的队伍把任务和责任讲清。众弟子中也没有多少人担心因为消息的泄露而导致敌人有所防备或者准备顽抗，而这种明确了任务的出征作战相比旧时的愚兵之法，则在很大程度上减轻了新战士们对第一次随老兵们参加作战的顾虑。
按照事前的作战计划，除李峰所在的第三旅留守南京城外，新组建的张海所在的近卫第一旅及刘洪涛率领的第二旅将兵分两路展开包抄扫荡。
张海所率领的近卫第一旅将向东展开进攻，沿途扫荡句容、丹阳、金坛、武进、常州、无锡并最终对苏州展开进攻。随后继续向东进攻昆山、太仓并扫荡嘉定、松江、嘉兴等地最终南返海宁抵达杭州。
而刘洪涛所率领的第二旅将南下太平府及芜湖等地，进攻宣城及所在的宁国府，之后南下扫荡新安所在的徽州府，之后折转向东由昌化等地抵达杭州城外完成与张海等人的会师，之后如有时间继续扫荡宁波定海等地。
在两旅回师途中如果新城至广德府一带的敌人没有完全投降，再由回师的队伍清理之。