朱由校安排好这件事后，传旨给黄克缵，要求他抽调大明皇家海军学校的学员来组成远洋舰队，准备远赴美洲寻找橡胶树种。至于远洋舰队的船只，则全部使用福船。
这时最大的船厂是清江船厂，总厂在淮安府山阳清河之间的运河沿岸。下设京卫、卫河、中都、直隶四个大厂，共八十个分厂，厂区沿运河绵延伸展，总长达二十多里地，规模极其宏大，在天启朝之前，每年产船约六百艘。
而朱由校登基以后，专门整治了清江船厂，将一些有劣迹的官员或杀或贬，又专门派锦衣卫驻守在此。然后将有经验的船工集中在四大厂内，而其它分厂则以发卖的方式交由私人经营。
这一作法，亘古未有，但确实有效果。因为清江船厂原来是国有性质，造什么船，什么时候造，价格如何，都是由朝廷控制的。这给了官员上下其手的机会，也造成了整个船厂的造船能力不足。
而这样一改后，分厂归于私人，减轻了朝廷的负担，又可以灵活地制定造船策略，使得平时造的船数在天启二年就达到了六百五十艘，这还只是分厂一年的造船数。
而总厂和四大厂则由朝廷拔款，专门制造大型战船。到天启五年末，已经制造出大福船三十六艘。其中最大的福船船长约九十步（一百三十六米），宽三十五步。而稍微小一号的赶缯船和双篷船船长可达七十步，宽二十步，可装火炮共二十四门（舰首舰尾各两门，两舷各十门），火力比三桅炮船更强。
朱由校将最大型的三艘福船命名为大明号，中华号，大汉号。再加上赶缯船和双篷船各三艘，组成了大明远洋舰队。
而在这时，朱由校制定的海军军衔也正式颁布了。大明海军军衔分三类：军官军衔，准尉军衔和士兵军衔，其中准尉是一个特殊的类别，既不是军官，也不是士兵，是独立的一类，主要承担专业技术勤务和相应管理工作，不承担领导责任。
军官军衔分为海军上将，中将，少将，上校，中校，少校，上尉，中尉，少尉共九级。准尉则分为一级，二级，三级准尉，准尉其实没有上下级关系，主要是根据资历来区别的。海军士兵则分为上士，中士，下士，老兵，新兵，列兵六级。
军衔既定，那么各个将领的级别也要制定下来了，颜思齐和张千方被任命为海军中将，而郑芝龙，陈厚甫，桂率真，郑咤和戴春风都被任命为海军少将。东江镇和近卫军中转入大明皇家海军学校学习的将领们，则被根据原来在近卫军中的职衔，被任命为从上校到上尉不等的职位。
这样一来，颜思齐就成了大明吕宋海军司令了，而大明远洋舰队则由张千方任舰队司令，带领一大群大明皇家海军学校的学生，加上京师大学堂研究院地理科，农事科，天文科和文学院的学生而组成。而除了任司令的张千方是中将衔外，以下最高的不过是军事调查统计局的毛齐五上校。