世界上唯一剩下的一男一女两个人类，开始了探寻人类毁灭，和地球未来的旅途。在那股神秘的声音的指引下，鲁鲁修和cc的脚印踏遍了已经被毁灭的世界的每一个角落，将曾经查鲁鲁没有找到的遗迹，全部找了出来。
亚洲三座，欧洲三座，美洲三座，非洲一座，澳大利亚一座！
总共十一做遗迹神殿，十一扇通往c世界的大门。
但是，鲁鲁修和cc找到的时候，这些门，已经打不开了。即使结合他们两人code印记，加上那足以移山倒海的能力，也无法驱动这扇大门分毫。但是，鲁鲁修和cc并非一无所获，结合从十二座遗迹得到的信息，鲁鲁修推测，还有第十二座神殿，也是所有遗迹的中心。
它的位置，坐落在世界的中心，传说中的上古文明，亚特兰蒂斯文明淹没的太平洋底。
以非人之躯，达成奇迹的两人，费了百年的世界，利用逐渐熟悉的力量，将整个太平洋中心的大海沟从中分开，终于发现了地十二座神殿。
亚特兰蒂斯文明，曾经的国都，也是最后一处遗迹！
踏入这座淹没在海底上万年的皇城，鲁鲁修和cc终于抵达了位于古城最中心的总神殿。在这里，鲁鲁修和cc终于从遗留在神殿里那铭刻在墙壁上的壁画，推知了发生在数万年前，亚特兰蒂斯文明，一夜之间消失的谜底。还有鲁鲁修和cc的code印记，以及geass，c世界，所有的一切，都在此刻，真相大白。
不错，无论是c世界，还是code，以及这些遗迹，都是数万年前，亚特兰蒂斯文明留下来的遗物。而直到这个时候，鲁鲁修和cc才最终得知了，人类战争，以及毁灭的真相。
毁灭人类的，并不是人类自己，而是……地球，所有生物的母亲，生命的起源！她的名字，叫盖亚！
数百万年轻，毁灭横行地球两亿年的恐龙一族，然后又将极度发到的高等人类文明亚特兰蒂斯一举埋进太平洋的，正是地球的抑制力的象征，盖亚！
盖亚不光是抑制力，没错，因为在生命出现之前盖亚就存在。那时的它没有要抑制的对象，它的存在是在生命之后，为了保障生命中某一类的生存而出现的，存在的理由就是为了抑制所有能威胁灵长类全体存在的人、事、物所以它除了抑制力之外什么都不是。
数百万年前，恐龙一族膨胀到极限，已经威胁到了地球上所有的生命。所以，盖亚召来了一颗陨石，将所有的恐龙灭绝了。
第一次，盖亚慢慢拥有了自己的意识，也明白了自己的使命。
几万年前，灵长类的一只族群，三眼族人逐渐拥有了自己的文明，他们自称亚特兰蒂斯人，他们的文明，就叫做亚特兰蒂斯文明。亚特兰蒂斯人天生拥有强大的力量，能够行使精神力做到各种匪夷所思的事情。随着科技的发展，他们渐渐的将研究的对象转变到自己的身体。
身体的进化，精神的力量，以及最最神秘的灵魂。
这种行为，触犯到了生命的禁忌，引起了地球盖亚意识的注意。但是因为亚特兰蒂斯人的研究并没有威胁到其他生命的存在，而且也没有造成太大的破坏，所以盖亚意识只是在暗中监视着亚特兰蒂斯人的一举一动，并没有干涉他们的行为。
然而，随着亚特兰蒂斯人对于灵魂和精神力量越来越深入的研究，他们自身的力量，也变得越来越强大。终于，有一天，亚特兰蒂斯人的十二位元老，在族人有意识的信仰下，他们的灵魂，得到了进一步的升华，感应到了天地之间那无所不在的伟大意识。
盖亚！
循着时光的河流，他们在历史的长河中，发现了前几次大灭绝的真相，从而推测出了盖亚意识的本质。
天地不仁，以万物为刍狗，盖亚意识，会消灭所有，危害到其他生命，破坏生命之间平衡的生物。从这时开始，亚特兰蒂斯人有了强烈的危机意识，他们全身心的投入到对灵魂力量的研究之中。
生命的禁忌，从此刻被真正打开了。所有的亚特兰蒂斯人都沉迷在对灵魂和精神力量的研究中。除了十二位先驱元老，其他的亚特兰蒂斯人也在逐渐升华着自己的灵魂。而同时，被他们信奉的十二位首领，也就是一件完成升华的十二位元老，他们的力量，也在飞速提升着。
这个时期，是亚特兰蒂斯文明最为繁盛的时代。
随着时间的推移，亚特兰蒂斯人发现，他们肉体的死亡，并不是他们生命的终结。他们的意识，不仅是在生前，在死后，也依然可以得以保留。每个人从诞生，他们的大脑就在无意识的发送着一种奇异的电波，每个人类的电波虽然各有不同，但是本质，还是一样的。
亚特兰蒂斯人以自己高超的科技和对灵魂的了解，在世界各地建立了十二座神殿，将这种波有意识的收集了起来，随着时间的推移，无论是已经死去的人，还是依然活着的，他们的意识和精神，都慢慢的聚集在这十二座神殿之中。
庞大的精神能量，在逐渐成长的过程中，终于影响到了地球的里世界，打破了物质界通往盖亚所在的空间的通道。十二座神殿收集的人类精神能量，顺着这个通道，聚集融合在了一起，变成了一个意识体。
亚特兰蒂斯人将这个世界，命名为c世界，意味通往神灵的世界，所有生命的起源与归宿之地。而将这个伟大的意识，命名为——阿赖耶。
十二座神殿，每一座神殿都拥有一位元老坐镇，负责守护族人的灵魂和意识，以及看守那扇通往c世界的大门。因此，十二位元老，又被称为十二守护者。作为看守通往最终归宿之地的守门人，他们每个人，眉心的第三只眼睛都被一种神秘的烙印包围着。
展翅欲飞的红色v型印记，围绕在第三只眼睛两侧，是唯一能够打来c世界大门的烙印。那是人类的意识集合，阿赖耶对守门人的祝福，不仅可以让他们拥有不可思议的力量，同时还能够获得永生。
亚特兰蒂斯人将这个烙印，称之为code，意为法则。象征着生命最后都将依循生命的法则，通过这扇大门，抵达最后的归宿之地，融入阿赖耶之中。
可惜，在亚特兰蒂斯人刚刚完成阿赖耶这个意识的构筑，正要让他进化，成为一个拥有独立意识的个体的时候，盖亚发现了亚特兰蒂斯人的秘密。
没有像今天对待人类那样宽和，盖亚就像对曾经的恐龙一族那样，直接召唤地球的第二颗卫星，一个月球，朝着亚特兰蒂斯的皇城砸了下来。将诞生才数百万年的亚特兰蒂斯人，连同他们的文明，一起埋葬进了数万米深的太平洋海底！
而阿赖耶，也就是人类意识共同体，也随着亚特兰蒂斯人的灭亡，永远的也被永久的封印在了c世界之中。那十二位获得永生的守门人，在自身即将毁灭之时，将各自拥有的code，留在了神殿之中，只要有人类进入神殿，获得code的认可，就能够继承守门人的烙印，获得code的力量，成为新的守门人，打开通往c世界的大门。
历史变迁，沧海桑田，几万年过去了。灵长类的另一分支，原始人类再次出现在这颗星球，并且慢慢发展，并且拥有了自己的文明。
直到公元5世纪左右，在古不列颠岛，罗马帝国瓦解之后，一位名为亚瑟的少年，拔出了传说中的石中剑，成为了不列颠的新一代国王。他和麾下的十二位强大的骑士率领不列颠人民奋起反抗，通过十二次战役最终成功击退了自北面来的萨克逊入侵。最终在巴顿山之役的交战中一举击溃敌军，将所有外来入侵者驱逐出不列颠，第一次统一了不列颠群岛。
亚瑟在执政初期，这位年轻的国王对梅林显露出了强烈的依赖。不列颠迎来了空前的统一和强大。他扶贫济弱，建立起一个繁盛的王国，骑士精神和最早的骑士的行为准则就是在这时形成的。
而亚瑟在年轻时选王而拔出的石中剑在与kingpellinore决斗时因违反骑士精神的战斗后断裂，失去了圣剑的亚瑟王非常悔恨。于是大魔法师梅林指引他来到了圣湖旁。
亚瑟从湖之仙女那里得到被称为“王者之剑“的圣剑excalibur，此剑在是精灵在阿瓦隆所打造，剑锷由黄金所铸、剑柄上镶有宝石，并因其锋刃削铁如泥，故湖夫人以“excalibur”（即古凯尔特语中“断钢”之意）命名之。
之后，亚瑟王就娶了苏格兰的格尼薇儿为王后，作为嫁妆，王后的父亲送给亚瑟王那张著名的圆桌，因为亚瑟在这个圆桌上和追随自己的十二位骑士商谈国事，所以十二位骑士又被称为圆桌骑士。
这个时期，是亚瑟王朝最为辉煌的时刻，然后，跟父亲尤瑟王一样，亚瑟王也有私生子。比父亲更大胆的是，他偷情对象竟然是自己同父异母的姐姐摩根。亚瑟王和这个孩子既是叔侄也是父子，这个私生子就是后来叛乱并使王国最终走向灭亡的莫德雷德。
时间推移，亚瑟王的领土在不断扩大。传说，他统治了法兰西，随後最终击溃日渐衰落的罗马帝国，在罗马大圣堂接受主教的加冕，这是亚瑟王传奇生涯中最辉煌的一段日子。之后，亚瑟王的兴趣开始转移到寻找传说中的宝藏上。他手下的骑士们或出于受命或出于自愿，相继离开都城卡梅洛去寻找传说中的圣杯，这些人大都有去无回。就这样，圆桌上的骑士越来越少，强大的帝国开始走下坡路这时，圆桌骑士，同时也是亚瑟王的第一位骑士——兰斯洛特爵士与王后格尼薇儿的私情被曝光。传说兰斯洛特还是婴儿时由于父亲过世而被弃置湖边，被湖中的仙女养大，因而也被称为“湖上骑士”他行侠仗义、个性温柔体贴、善於与女性相处，不仅在亚瑟王的圆桌上很受支持，在整个王国内都有很好的口碑。所以他也被称为亚瑟王的第一骑士。亚瑟王对兰斯洛特信赖有加，任命他为王后桂妮维亚的守护骑士。
所以得知兰斯洛特与桂妮维亚有私情后亚瑟王非常愤怒。然而兰斯洛特与桂妮维亚是私情而非通奸，也就是单纯的两人互相吸引互相钦慕的“柏拉图式”精神恋爱，并不涉及肉体欲望。根据当时的基督教道德标准，男性不得对爱人的“精神外遇”怀有嫉妒之心。因此亚瑟王没有办法公开杀死兰斯洛特，否则就会受到舆论谴责。
于是当这两人在森林里幽会的时候亚瑟王派出十二名骑士前去暗杀，却被兰斯洛特尽数杀死。兰斯洛特逃脱，桂妮维亚则被亚瑟王处以火刑。然而对王后一往情深的兰斯洛特与战友强袭处刑场，硬生生劫走桂妮维亚，两人渡海逃往法兰西。
虽然其后经过教皇的调解，迫于骑士的荣誉，兰斯洛特交还了格尼薇儿，但故事并未到此结束。另一位著名的圆桌骑士，亚瑟王的外甥高文，他的兄弟在阻止兰斯洛特劫走桂妮维亚时被兰斯洛特所杀。亚瑟王本来就对王后被拐的耻辱耿耿于怀，加之高文怂恿，终于决定亲征法兰西。
就是这次征讨兰斯洛特给了莫德雷德篡位的良机。亲征法兰西的亚瑟王留下高文和侄子莫德雷德管理王国。莫德雷德意识到这是千载难逢的良机，他从wallingford的武器库里偷走了名剑clarento并发动叛乱，在全城散播谣言说国王已战死的谣言，并欲强娶格尼薇儿。亚瑟王闻讯后，急忙赶回不列颠，在双方进行对策和谈时，有一条蛇悄悄爬到了一位骑士身上，那骑士拔剑欲把蛇给斩断，于是印证着一场血腥的战争随之爆发。