朝廷这次的改革，主要是涉及藩王和军队两个方面。很多改革都可以说是颠覆性的。
藩王方面，朝廷规定藩王拥有军队的上限就是1万人，多出的部分一律上交朝廷。而且藩王的王后改称王妃，藩王不许立国、设置百官。也就是说，大梁的藩王只能封藩、不能建国了。
也就是说，以燕藩为例，徐云以后只能叫燕王妃了，不能叫燕王后了，北平郡归朝廷直辖，不再受燕王节制了。燕王拥有的军队最多不超过1万人，还是朝廷拨给军饷。这一下，藩王们实力大减。
晋王杨华上交了2万晋军、齐王杨战上交了2万备倭兵，燕王杨棣上交了2万燕山卫，赵王杨康上交了2万白马骑兵，魏王杨泰上交了2万魏武卒，楚王杨锐的2万水师支援益州刺史左光后，就不再归建楚王府了，蜀王杨萧的3万山地兵也直接被益州刺史左光调走了2万，就这么一个措施，朝廷就收了14万精锐，加之先前调走了齐王的3万备倭兵，朝廷一下就收了17万的精锐。如果算上晋王杨华先前交出的3万军队，朝廷一下多了20万军队。
这17万的精锐中，有5万骑兵、2万水师和10万步兵。为了稳定的交接，梁帝下了狠心，直接命令13万长城边军出动了10万，依次进驻晋藩、燕藩、齐藩，命令左威卫大军出动8万，依次进驻魏藩、赵藩，几个王爷到底不敢明面对抗梁帝，乖乖交出兵权。至于楚王和蜀王的军队，已经在益州刺史左光的手里对抗吐蕃呢，更是不用费劲了。所以梁帝仅仅花了1个月的时间，就派遣了18万大军到藩王的地界上。
这个时候，何知远和方谦也返回了长安向梁帝复旨。
“何知远，你别嫌着，锦衣卫全员出动，盯住这些藩王，确保接收军队不出现后续问题”何知远气都没来得及喘上一口，梁帝又吩咐了任务。
“臣遵旨”何知远只能点头答应。
“方谦，你们兵部三日内拿出军队改革方案，和接收藩王军队一并执行了”梁帝也给方谦安排了任务。
方谦没了办法，连家都没回，直接待着兵部，带着手下的郎官、司官开始制定军队的改革方案，熬了三天三夜，总算把方案拿出来了。
新的方案是：重建被杨竞打没了的右威卫大军，编制还是10万人，和左威卫大军一样，驻扎在长安。长安还是由左威卫10万大军和右威风10万大军守卫。新组建的右威卫大军由原2万魏武卒、2万晋军、2万蜀地山地兵和4万备倭兵组成，全部打乱编制。
组建河西镇，编制3万人，由晋王第一次上交的3万晋军组成，驻守在河西四郡，防备吐蕃和西域，由靖安侯冯生任总兵。
组建中州镇，编制3万人，人员就由南下的长城边军中抽调3万人组成，驻守开封，监视中原，由兴安侯刘永任总兵；
组建蓟州镇，编制3万人，人员由长城边军抽调的3万守军组成，驻扎蓟县，主要是防备山海关方向，由新建侯沈泉担任总兵。
组建北平镇，编制3万人，人员由1万备倭兵和1.8万俘虏兵加李奇带走那2000兵组成，主要也是防备山海关方向，英国公李奇降为东平侯，任北平镇总兵。
组建武昌镇，编制3万人，由楚王的2万水师加新募集的1万步兵组成，驻扎武昌郡，监视长江中下游地区及岭南地区，南安伯朱真任总兵。
组建云南镇，由残留的1万川兵加2万长城边军步兵组成，驻扎在川滇交界的竹海郡，由汝南侯吴大海任总兵。
2万燕山卫和2万白马骑兵划归长城边军，杨竞归还的4.8万俘虏中划3万给长城边军，长城边军改建为12万人，8万步兵加4万骑兵。
朝廷的直辖部队分成9支：驻扎在长安的左威卫大军10万人、右威卫大军10万人，长城边军12万人，河西镇3万人、中州镇3万人，蓟州镇3万人，北平镇3万人、武昌镇3万人，云南镇3万人，共计50万人。