同时，对朱元璋来说，另一件事也非常重要，那就是他需要一支力量来支持自己在当前这个关键时刻，将废除丞相之位的事情落实下去。显然，这一次想要彻底将中书省的权力收回到自己手中，并不是一件简单的事情。
触动了那些新生的文官集团和一部分勋贵的利益，即使他是皇帝，这些人在反击时也不会手软。他们不敢直接与皇帝对抗，但在背后搞小动作、糊弄皇帝的事情，他们不仅敢做，而且胆子一直很大。
甚至可以说，自从胡惟庸成为中书省右丞相后，这种事情在大明朝堂上就一直在发生。朱元璋其实从一开始就察觉到了这些事情，但当时他还没有意识到这件事会演变成现在这个样子。虽然每次得知这些事情后，他都会立刻下圣旨将罪魁祸首绳之以法，但他与朝臣之间毕竟隔着中书省这么一层。
有些事情即使那边不做隐瞒，只是拖延半天再送过来，整件事情也会变得完全不同。正是这些事情让朱元璋意识到，他现在对朝政的掌控能力还不够强。如果他真的想将朝廷彻底打造成自己内心所设想的廉洁高效的模样，那么中书省丞相这个位置就不再适合保留。于是，为了彻底达到不破不立的目的，朱元璋赋予了亲军都尉府前所未有的权限。朱元璋不仅表示只要有足够的证据，亲军都尉府就可以不经自己批示直接去拿人，还赋予了他们在地方上便于行事的权力。
从这个命令生效的那一刻起，亲军都尉府的人马无论是走到全国的哪一府哪一县，当地的主官在没有报请朝廷之前，都不得阻止他们办案。同时，在京的各位官员也不得对亲军都尉府的行动进行任何阻碍，凡是亲军都尉府认为可疑的人都可以进行讯问。在朱元璋的设想中，现在对亲军都尉府的权力授权只是临时的举措。只要达到自己彻底废除相权的目的，亲军都尉府也会逐渐恢复原来的模样。
然而，事情的发展最终还是出乎了朱元璋的意料。在他选择放权之后，他万万没有想到自己一手打造的特殊力量，这个时候却像一匹野马一样。虽然还没有完全脱缰，但他们现在展现出来的办事效率已经大大超出了朱元璋的预期。
不仅在短时间内将所有与胡惟庸案有密切关系的官员全部缉拿归案，甚至在抽丝剥茧之后，还找到了胡惟庸那个隐藏在乡野多年、没什么名声的侄子的踪迹。这让朱元璋意识到，在皇权的支持下，这支原本看似不起眼的力量，现在已经进化成了一个连他自己都有些看不懂的样子。
这种局面让对下属有着强烈控制欲望的朱元璋顿时生出了防范之心。因此，尽管明知毛骧为了办理这个案子已经竭尽全力，朱元璋还是毫不犹豫地以“僭越”这种近乎“莫须有”的罪名，将毛骧送进了诏狱。
一方面，作为皇帝，他不可能允许自己手中的权力因为这些事情受到任何影响，即使一直以来他视为心腹的毛骧也不例外。另一方面，此时虽然通过毛骧对整个亲军都尉府进行了敲打，但他废除相权的目的还没有完全达到。
这意味着在今后很长一段时间里，他还需要亲军都尉府这支力量继续为自己办理那些不能公开于朝廷的事情。甚至在胡惟庸案陷入僵局的当下，他还需要进一步给亲军都尉府放权。只有将自己放养的这头恶狼武装到牙齿，才能从那些已经把地盘经营了好几年的勋贵和文官身上撕下一块肉。
在这个过程中，只执行皇帝意志的亲军都尉府，难免会变成众朝臣所厌恶的一股势力。同时，在权力极度膨胀之后，他们这个衙门也会生出从未有过的野心。
这样一来，将这支受到朝臣唾弃且极具隐患的力量交给素有贤名的太子，就成了一件非常不合适的事情。朱元璋也不是没有想过，太子继位后，可能也需要这样一支力量来协助自己稳固皇权。但这位天子心里已经有了打算，太子若想成立这种机构，自己去做就行了，根本不必继承自己手上这个已经用脏的抹布。
同时，为了进一步给亲军都尉府放权，朱元璋在与徐达商量了一整晚后，最终决定对亲军都尉府进行彻底的改制。改制的内容包括将亲军都尉府这个衙门完全从三省六部中分离出来，朱元璋还将以前禁卫亲军的职能也赋予了这支力量。他还决定给亲军都尉府更名，今后这些身着飞鱼服的人将被称为“锦衣卫”。
为了确保新成立的锦衣卫能够顺利运作，并且能够顺利实施改革，朱元璋需要一个既有能力又值得信赖的人来接手这个烂摊子。经过深思熟虑，朱元璋最终决定让徐允恭来担任这个职位。
从朱元璋的角度来看，徐允恭自从进入皇宫担任勋卫以来，一直有着不错的名声。在当前这个关键时刻，朱元璋对这个经常出现在自己视线中的年轻人自然是格外看好。此外，徐允恭还有一重身份，那就是他是徐达的儿子。这意味着，在徐达没有背叛自己之前，朱元璋可以对这个大侄子给予最高的信任。
朱元璋自然希望将这个重担压在徐允恭的肩膀上，因为他既有能力又值得信赖。除了朱元璋明确表示的想法之外，他还有一个隐秘的心思，那就是他想通过这种方式为自己的四儿子燕王朱棣铺路。一旦徐允恭担任锦衣卫指挥使，他将不可避免地与还在牢中的朱棣产生交流。这样一来，徐达一家就可以更牢固地绑定在自家老四的马车上。
虽然朱元璋对徐达有着一份不容置疑的信任，但如今已经生出白发的朱元璋，不免要为自己那位太子考虑。在朱元璋接下来的计划中，将所有可能对太子地位产生威胁的权臣迁出京城，是一件极为重要的事情。正因为事情涉及到皇帝最为敏感的权力交接问题，即使对于自己这位从小的玩伴感情依旧深厚，朱元璋这个时候也呈现出了一种独有的冷血。
朱元璋为徐达制定的计划是让他们一家完全和燕王朱棣这位女婿绑定。等到自己龙驭归天的那天，自己安排的人手自然会把让他们全家迁往北平的圣旨，当着文武百官的面交到徐达手中。
洪武十三年，因为太子的地位无比稳固，朱元璋也只是担心这些勋贵权臣可能会对太子产生不利的影响，并没有把他们当做对皇权十分严重的威胁。因此，对于这些和自己一起出生入死、坚持到现在的老伙计、老朋友们，朱元璋暂时也没有赶尽杀绝的打算。除去那些因为徇私枉法、触及到朱元璋对于百姓安危底线的家伙被诛杀之外，面对昔日的老朋友们朱元璋更想效法的是宋太祖杯酒释兵权，而不是当年逼死韩信的汉高祖和吕后。
然而，徐达并没有猜出面前这位皇帝陛下心理这层隐秘的想法。当他听到自己的长子将被安排到锦衣卫指挥使这样一个位置的时候，他当即表示反对。他给出的理由并不是因为这个衙门如何如何，而单纯就是认为自己的儿子尚且年轻，资历不够，根本无法胜任这么重要的位置。