九江城第一个白天的战斗结束了。由于商团的射击火力凶猛，太平军很难靠近城边，除了用土炮轰城外，并无有效的杀伤手段。
因此，经过这大半日的激战，商团人员损失不大。只有数十人受伤，没有一人阵亡，且伤者大多也只是轻伤。
陈济方命守城各处，设置轮流岗哨监视城外动向，余下的人则就地休息。
他又召集各队官长一同商议下一步的安排。各官长此时都十分兴奋，喜悦之情溢于言表。他们都认为已经打了个大胜仗，这发匪也不过如此。
可陈济方却告诫手下要冷静下来，这场战斗才刚刚开始。
要知道，经过这第一天的战斗，九江城中的战力和火力，已经完全显露。而太平军伤亡虽众，但依然为数众多，敌我兵力差距悬殊的局面并未改变。
陈济方还担心，太平军白天吃了大亏，夜晚可能会来偷袭。便派人去城中收集可燃之物，分至守城各处。并严令各队夜间要加强巡察，加强备战，以防夜袭。
果如陈济方所料，入夜之后，太平军真的来袭城了。
其实，就在陈济方与手下官长们商议之时，石达开也正在做同样的事。
太平军在白天的战斗中，损失大小船只十数艘，人员伤亡近千，可谓惨重。
而他们也自知，并未能给守城之敌多大的打击，这更令他们恼火。第一次打这么窝囊的仗，让太平军的各位将领个个在心中憋了一口闷气，纷纷请战要夜袭九江城，誓要拿下此城为弟兄们报仇雪恨。
石达开毕竟是太平军中一等一的名将，还是很冷静的。
虽然在白天遇险，但他并不急着复仇，而是更想先了解这守城之敌到底是什么来头。
这伙敌人在白日里的战斗中，采用了从未遇到过的武器和战法，也没有亮出过任何旗帜。而且那塔楼上指挥的旗令也十分特别，还时不时听到奇怪的号声。
这究竟是哪里来的敌人？主将又是何许人也？只有在弄清这些之后，他才愿意考虑下一步的行动。
但眼前的弟兄们情绪激动，战意高昂。若不允他们出战，又恐挫了士气，违了众心。
于是，石达开便违心的同意了部下的请求。令他们待天色全黑之后，仍依白天攻城的三路，悄悄靠近城下，实施夜袭。
二更之后，太平军按照计划开始了行动。前半程都还顺利，但当攻城军士将要靠近城垣时，就又听见城上响起了阵阵号声。
接着便有大量火把、火油、柴草等燃烧之物，从城头落下，将城边的太平军照了个清清楚楚。
再接着，那要命的枪声、炮声就又不断的响了起来。
本想偷袭的太平军，反被打个措手不及，纷纷用手中的鸟枪、弓箭进行还击。可城头在暗处，这还击的效果也就可想而知了。
三路攻城的队伍，所遇情形大体相似。太平军再次遭受到了重大的伤亡。