陈济怀对清法间的局势，是一直保持着密切关注的。
早在法舰刚刚开始向马尾集结时，两江的情报部门，就根据收集到的各类讯息，判断法军将要对船政下手。
陈济怀也据此，分别向李鸿章和福州当局，发出密电，以示警告。然而不幸的事情，终究还是发生了。
马尾之战的消息传来后，两江上下皆感震惊。
法军狡诈，清廷昏聩，以致经营多年的船政水师一朝覆灭。船政船厂也在战火中损毁严重，令人扼腕。
而法军屠杀水师官兵的恶行，更是遭人愤慨！也让那些，曾经与船政并肩过的人们，为罹难的相识者，感到悲痛不已。
闽省所发生的一切，发人深思。清廷的无能再次表现得淋漓尽致，使得陈济怀和更多的两江人，认识到，自治是多么的必要。
两江自治之后，诸事繁杂，各项举措也是层出不穷。
为了在变故丛生的年代里，保住这得之不易的局面，在诸项内政外交之中，军事建设也成为了重中之重。
创立于1848年的“护商民团”的旗号，到了如今，终于完成了它的使命。
商团全军，被整体改编为“两江防卫军”，正式成为了一支经制军队，从此担负起保卫两江地方安宁的重责。
新设的防务司主要由文官管理，负责防卫军的行政、建设、发展和政策等事务。防卫军则为武将组成，并尊两江总督为最高统帅。
防卫军下设陆军和海军，取代了原有的商团陆师和水师营。
其编制大体沿袭商团时代。更进一步的与世界接轨，将陆军单位调整为团、营、连、排和班。海军陆战队为联队、大队、中队、支队和小队。
两军的军旗，仍沿用原商团的旗色。
而陆海军将士们，梦寐以求的军衔体系，则终于被确定了下来。
两军军衔标准一致，分为官、兵两类。
军官军衔分为三等十二级。自下而上为，四级尉官，分别是准尉、少尉、中尉和上尉。
四级校官，分为少校、中校、上校和大校。
将官亦分四级，少将、中将、上将和大将。
士兵的衔制，则分为，列兵、军士和军士长。
陆海两军的服色，也基本一致，皆为黑白两色，仍算沿用当年商团南北军的传统。
军服的样式，采用西方军队常用服制，上下身颜色统一，冬装为全黑色，夏装为全白色。
两军服装的主要区别为，陆军帽檐较小且用红色五星为帽徽，衣领亦为红色。海军则帽檐较大，帽徽和衣领改为蓝色。
为了增加防卫力量，两江在自治之后便开始了兵力扩充。并在兵制上，进行了改革，开始推行征兵制。
为求过渡，现阶段先采用募兵与征兵相结合的方式。日后将完全以服兵役，为主要兵源。