战后，原初派得知了深海猎人还有成员没有阵亡，甚至逃离了阿戈尔登陆泰拉之后，立刻设立了海陆封锁，彻底阻挡了猎人回归的道路。
至于原初派为何这么倒行逆施，就不得不提到原初派中的一个分支——基要派。
基要派是原初派里非常激进的一个派别，他们不仅认为阿戈尔不应该剿灭神，甚至将深海之神视作他们的真神，并且建立了一个以深海之神为首的信仰体系，其最主要的组织为着名的深海教会。
虽然深海教会的历史并不长，但基要派的历史则非常悠久，过去每一次神降临之时，基要派的势力都会迅速壮大，而这一次，其势力甚至延伸到了泰拉。
原初派虽然不是特别认同基要派的理念，但也认为扶持基要派是非常必要的手段，就像建构派扶持深海猎人一样。
在当时，两派的矛盾已经是非常激化，几乎是要到了一触即发的地步，但由于双方互相持有湮灭弹的缘故，湮灭威慑力导致双方不敢真的爆发冲突，只能互相冷战。
为了夺取在阿戈尔的领导权，同时避免因为直接冲突导致无法挽回的损失，双方各自扶持了大量的势力，让他们作为两派的代理人互相冲突，深海教会就是原初派扶持的组织。
以深海教会为首的基要派认为应该将所有对神有威胁的敌人全部杀掉，为了达成这个目的，他们甚至与海嗣联合，这种行径在当时简直可以称作是叛国，但在原初派的庇护下，阿戈尔竟然默许了他们的存在。
考虑到深海之神已经陷入沉睡，基要派的小动作根本威胁不到阿戈尔，并且原初派非常需要扶持一个新势力来抗衡建构派手下的深海猎人。
至于深海猎人这一边，在弑神计划中，最后仅有歌蕾蒂娅、斯卡蒂、幽灵鲨三人活了下来，而歌蕾蒂娅在得到了来自建构派内部支持深海猎人势力的回应后，也选择了独自返回阿戈尔。
虽然建构派连同原初派策划了这个毁灭深海猎人组织的弑神计划，但他们又看重了深海猎人击败神的战绩，于是决定再度扶持歌蕾蒂娅。
回到阿戈尔的歌蕾蒂娅在与建构派内部的执政官共同合作下，改良了人体改造技术，再造了一支深海猎人军团，也就是如今芙蕾雅这种类型的次代深海猎人。
但有了之前建构派葬送深海猎人的前例，歌蕾蒂娅始终无法做到完全相信建构派，她认为深海猎人这个组织在建构派眼里是一个可以随时丢弃的棋子，一旦失去了价值，建构派会毫不犹豫处置深海猎人，事实也确实如此。
虽然此时的歌蕾蒂娅处于建构派的保护之下，可对建构派的不信任和来自原初派的敌意，让歌蕾蒂娅深感自身与深海猎人军团的危险处境，她必须做出改变。
歌蕾蒂娅决定重塑军团，军团不再以深海猎人为唯一成员，一切愿意为了阿戈尔复兴，为了这场对抗深海之神战争胜利，为了从神的手中解放人类的人员，无论阶级，不分信仰，不管男女老少，都可以加入到这个组织里来。
由于歌蕾蒂娅之前的英勇事迹，军团真的吸引了不少人，歌蕾蒂娅给这个组织重新命名，叫“阿戈尔爱国阵线”，组织中的军事力量被称作“阿戈尔革命军”，而他们的派别，被外界称作“革命派”。
在歌蕾蒂娅还在罗德岛并与阿戈尔成功建立了联系的时候，她就已经在远程管理着这个新生的组织，阿戈尔爱国阵线其实早早就有了雏形，歌蕾蒂娅只不过是将这个组织正式摆上了台面。
歌蕾蒂娅尽可能想要聚集了一切可以团结的力量，上至有理想的执政官，下至外城邦在核心城流离失所的难民，甚至是远离阿戈尔的罗德岛，这对于傲慢的阿戈尔人来说是非常罕见的，而歌蕾蒂娅，此刻则是带领爱国阵线的灵魂人物。
面对变革的歌蕾蒂娅，建构派里的大部分人一时都无法认可，毕竟爱国阵线的很多想法过于激进，击杀深海之神的目标被他们认为不切实际，虽然他们之前确实做到了让神陷入了沉睡中。
不过由于原初派所扶持的深海教会最近是越来越猖狂，他们甚至一反阿戈尔人不与泰拉人接触的常态，在泰拉大陆上进行实验，制造海怪大军，甚至在深海猎人的身上做实验，因此，虽然建构派认为爱国阵线并不靠谱，甚至有人认为歌蕾蒂娅是在企图摆脱建构派的掌控，但为了抗衡原初派扶持的教会，他们还是选择了支持爱国阵线。
在执政院两派的授意下，以阿戈尔爱国阵线为首的革命派，和以深海教会为首的基要派，开始了正面对抗。
虽然阿戈尔在这场战争中最大的敌人始终是深海之神，但现在，他们又像过去的无数次战争一样，再一次将矛头对准了他们的同胞。