翌日，卯时（早上五点钟），承乾宫，朱由检已经起床，开始在田贵妃的服侍下更衣洗漱梳头。朱由检本来想“春宵苦短日高起”，可身体的记忆让他无法再次入眠，加上考虑到崇祯之前的勤政人设，让他只能还像原主一样早起工作。
随着皇极殿外钟楼上敲响三声钟声，朱由检乘辇车出发前往皇极门前上早朝。此时百官排队进入紫禁城，经过午门，到达皇极门前的广场。文武官员分为左右两列站立，文官在左，武官在右。
皇极门上廊内正中设御座，台阶左右是钟鼓司的乐队，殿陛门楯间列“大汉将军”，穿着全服铠甲，御道左右及文武官员身后则各有校尉握刀站立。朱由检到达御门后，钟鼓司开始奏乐，锦衣卫力士撑五伞盖、四团扇，从东西两侧登上丹墀，立于御座后左右。内使两人，一人执伞盖，立于座上，另一人执“武备”，杂二扇，立于座后正中。
朱由检登上御座之后，锦衣卫鸣鞭，鸿胪寺“唱”入班，左右文武两班这才齐头并进步入御道，文官“北向西上”，武官“北向东上”，行一拜三叩之礼，是为“大班”。公侯、驸马、伯自成一班（勋戚班），居武官班前而稍离。大臣们行礼完毕之后，文武百官立于两侧，早朝正式开始。
鸿胪寺官员率先出班，向朱由检奏报入京谢恩、离京请恩的官员。然后由鸿胪寺官员唱“奏事”，吏部尚书太子太傅王永光轻咳一声，上奏升谢升为太仆寺卿、升王业浩为通政使司右通政、升郝土膏为太常寺卿，管光禄寺少卿事、补张光绪为河南按察司等官员的任命，御前牌子太监张国元传达了朱由检的指示：准。
随后，督饷御史钱士贵上奏核饷六事：“一立循环以核考成，一定期限以程勤玩，一均功罪以别劝惩，一禁借留以清饷额，一催奏觧以核杂饷，一核遗欵以济缺额。”朱由检命下发户部商议。
奏事结束后，朱由检宣布散朝，仍由鸿胪寺官员鸣鞭，百官行礼下朝。
早朝结束后已经寅时正刻（8点)了，朱由检回乾清宫用过早膳，接着去文华殿批阅奏折。“臣受数十疏捏谤以来，心如死灰。因圣恩未报，力疾以做未完之局……臣观督臣疏中语意，似乎疑臣不受节制，故督臣策画，舍近就远，弃易图难，臣竟不知其故。今事实难做矣，臣之热肠冷矣，性命危于朝夕矣。每自譬于林畔，一日七战时，今又多活数年，即死亦瞑目矣。只不愿如抚臣故事，又有非议于其后耳。督臣为臣上司，臣辨驳其疏，臣亦自觉非体非理，听皇上或撤或留，臣随亲抱敕印，竟进登州候旨，逮臣进京，悉从公议，治臣以罪，完臣一生名节，免悞封疆大事矣。”看到皮岛总兵毛文龙委屈幽怨的自辨奏折，朱由检突然想到了后世关于袁崇焕杀毛文龙的争议，不管怎么说现阶段毛文龙的东江镇对满清起到了一定的的牵制作用，而且加左军都督府左都督衔的毛文龙已是正一品大员，即使有罪，也不是袁崇焕拿把尚方宝剑就随便杀的，可见已经有些恃宠而骄了，需要帮他清醒清醒。
“王应泰，让曹化淳过来”。得到旨意的王应泰，亲自来到司礼监，“曹公公，皇爷在文华殿请您过去。”“让答应通传一声就行了，怎还劳驾二王公公请跑一趟。”曹化淳奉承了王应泰两句，便跟着去了文华殿。“老奴曹化淳恭祝皇爷万安。”“起来回话吧。”朱由检看了一眼王应泰，王应泰挥手让殿内侍候的小宦官下去，随后轻声关上了殿门守在门外。
“曹大伴，朕准备让你去辽东给袁崇焕传一趟旨意，之后再去东江镇慰问一下毛文龙。”“你去辽东传旨的时候代朕训斥一番袁崇焕，告诉他五年平辽之策作罢，让他现阶段以防守为主，把满清限制在关外，整饬好辽东军队，再图恢复，不要贪功冒进，靡费钱粮。私下训斥，不要影响他在军中的威信。随后，你润色一下，都写在圣旨上吧。”来自后世的朱由检知道就大明现在的状况，五年平辽根本就是个笑话，少让满清入关抢几次才是正理。“此外，把朕要保毛文龙的意思传达给袁崇焕和登莱巡抚孙国桢，坚决不能让袁崇焕把毛文龙杀了。”“皇爷多虑了吧，袁崇焕怎么敢擅杀毛文龙。”“就怕他仗着朕的恩宠无法无天。”“传旨从毛文龙议，复原登州东江海道，为嘉其远戍东江劳苦之功，荫其一子入国子监。”
曹化淳领旨出去后不久，内阁钱龙锡求见。“臣礼部尚书兼东阁大学士拜见陛下。”“来人，给钱先生赐坐。”“陛下，毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，特角无资，掣肘兼碍。事关封疆安危，如今袁崇焕收其海道对其加以节制，防其不臣，老臣窃以为不可令其恢复登州海道。”这也不算什么大事，钱龙锡就急忙过来支援袁崇焕，况且互相制衡才是驭下之道，只防毛文龙，不防袁崇焕，不知真是处于公心，还是两人有牵涉。
“钱先生，毛文龙的东江镇孤悬海外，即使真有二心，也不过是疥癣之病，反之如今袁崇焕虽然忠心但权柄过重，如果不加以节制，难免日渐骄横，形成藩镇。再者，莫非先生与袁崇焕相交莫逆？”朱由检说话的语气带点儿调侃，在钱龙锡听来可是要命，内阁结交督抚可是大忌，而且袁崇焕离京之前确实和他私下有所接触，一身冷汗的他连忙伏地请罪，朱由检安慰了他几句，便让内侍礼送其回内阁。走在路上的钱龙锡有些迷惘，不知道平常对自己言听计从的崇祯，今天怎么会说出这番话，要不然他也不会明知道有些犯忌还亲自来找崇祯了，只能感叹君心难测。